Protein–RNA interactions for Protein: A0A539

TCRBV7S3A2, T-cell receptor beta variable 4-2 (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 114 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCRBV7S3A2A0A539 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 FBLN5-202ENST00000342058 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 CAMK2B-207ENST00000358707 1895 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 WWTR1-AS1-202ENST00000479752 1700 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC21.39■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 WDSUB1-202ENST00000359774 1912 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TCRBV7S3A2A0A539 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 LINC01521-201ENST00000504184 1943 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 TMEM178A-201ENST00000281961 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 FGF7P6-201ENST00000377614 1890 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 BX664615.2-202ENST00000639056 1888 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 CLDN23-201ENST00000519106 2169 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 FAM69B-202ENST00000371692 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 PANO1-201ENST00000620120 1680 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 HAND1-201ENST00000231121 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 C14orf79-207ENST00000550614 1912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ZGPAT-204ENST00000369967 1890 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 NR1H2-204ENST00000593926 1828 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 HGH1-201ENST00000347708 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 FEZF1-203ENST00000442488 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ARSA-205ENST00000453344 1650 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 SCOC-207ENST00000506597 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 SACM1L-202ENST00000418611 2164 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 ME2-216ENST00000639850 2331 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TCRBV7S3A2A0A539 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms