Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC39Q9UFE4 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 RPUSD1-202ENST00000561734 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ZNF579-201ENST00000325421 2899 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SBK1-201ENST00000341901 4992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 EML6-201ENST00000356458 8320 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 GFI1-201ENST00000294702 2784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 GRK4-203ENST00000398052 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SHKBP1-225ENST00000600733 2284 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ARID1B-220ENST00000636930 8246 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 CCSAP-203ENST00000366687 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC39Q9UFE4 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms