Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 CHRNA10-204ENST00000534359 1474 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SYNE3Q6ZMZ3 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms