Protein–RNA interactions for Protein: Q15858

SCN9A, Sodium channel protein type 9 subunit alpha, humanhuman

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Length 1,988 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN9AQ15858 RNASET2-203ENST00000366855 1417 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 CDC42EP5-201ENST00000301200 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 PAQR6-205ENST00000368270 1765 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN9AQ15858 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 FTCDNL1-202ENST00000420128 1021 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 HOXC9-203ENST00000508190 1505 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 RBP4-201ENST00000371464 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 SEPT1-201ENST00000321367 1592 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 ACBD4-202ENST00000376955 1453 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 IRAK3-203ENST00000545837 1579 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC068473.1-201ENST00000317008 1111 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 CLDN5-204ENST00000618236 1374 ntAPPRIS P1 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 MTHFD1L-201ENST00000367307 1049 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 WDR88-201ENST00000355868 1718 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 C15orf48-201ENST00000344300 875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AUH-202ENST00000375731 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN9AQ15858 CYP2T3P-201ENST00000601990 817 ntBASIC25.45■■□□□ 1.67
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