Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 USP7-221ENST00000570256 591 ntTSL 36.59□□□□□ -1.355e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ABCA13-202ENST00000417403 3528 ntTSL 26.58□□□□□ -1.365e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TTLL5-204ENST00000554148 705 ntTSL 56.55□□□□□ -1.365e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 WARS-240ENST00000557297 821 ntTSL 36.42□□□□□ -1.385e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF2A-212ENST00000482093 725 ntTSL 56.18□□□□□ -1.425e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CALML4-205ENST00000467188 620 ntTSL 26.04□□□□□ -1.445e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF2A-208ENST00000472926 557 ntTSL 36.03□□□□□ -1.445e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CNIH3-205ENST00000478120 785 ntTSL 55.95□□□□□ -1.465e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TJP2-207ENST00000498204 643 ntTSL 25.8□□□□□ -1.485e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 RAP1GAP-210ENST00000482984 331 ntTSL 55.74□□□□□ -1.495e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 WARS-213ENST00000554084 866 ntTSL 55.51□□□□□ -1.535e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CALML4-207ENST00000478113 3651 ntTSL 1 (best)5.42□□□□□ -1.545e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ABCA13-204ENST00000435803 17184 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC5.31□□□□□ -1.565e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 FCHSD2-205ENST00000409853 1867 ntTSL 1 (best) BASIC4.75□□□□□ -1.655e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 MTCH2-206ENST00000539759 581 ntTSL 54.56□□□□□ -1.685e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CPB2-202ENST00000439329 1655 ntTSL 5 BASIC4.45□□□□□ -1.75e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 HECTD1-218ENST00000557695 524 ntTSL 34.43□□□□□ -1.75e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 CPB2-201ENST00000181383 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.29□□□□□ -1.725e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 MTCH2-202ENST00000525649 599 ntTSL 24.17□□□□□ -1.745e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF2A-201ENST00000273435 2083 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC4.09□□□□□ -1.765e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ABCA5-208ENST00000588877 6525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.54□□□□□ -1.845e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ABCA5-206ENST00000588106 1854 ntTSL 23.41□□□□□ -1.865e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 EIF2A-211ENST00000477551 1906 ntTSL 1 (best)3.06□□□□□ -1.925e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ABCA5-211ENST00000591234 3263 ntTSL 22.71□□□□□ -1.985e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ABCA5-204ENST00000586995 4062 ntTSL 1 (best)1.88□□□□□ -2.115e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 MIR6845-201ENST00000613182 61 ntBASIC1.37□□□□□ -2.195e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 ABCA5-201ENST00000392676 8220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.31□□□□□ -2.25e-6■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 FREM1-203ENST00000380894 2481 ntTSL 1 (best) BASIC9.31□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 FREM1-205ENST00000427623 1421 ntTSL 59.28□□□□□ -0.923e-8■■■■■ 35.2
SF3A3Q12874 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.337e-9■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 TIMM44-203ENST00000595831 1797 ntTSL 515.51■□□□□ 0.077e-9■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAPK12-204ENST00000467891 2019 ntTSL 531.65■■■□□ 2.661e-6■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.991e-6■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.281e-6■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAPK12-206ENST00000488504 1785 ntTSL 522.51■■□□□ 1.191e-6■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAPK12-203ENST00000395780 1459 ntTSL 1 (best) BASIC14.13□□□□□ -0.151e-6■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-213ENST00000510794 1607 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.742e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-201ENST00000264750 2058 ntTSL 2 BASIC18.81■□□□□ 0.62e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.02■□□□□ 0.482e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-208ENST00000505839 1444 ntTSL 2 BASIC18.02■□□□□ 0.482e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-212ENST00000509531 1001 ntTSL 1 (best)17.58■□□□□ 0.42e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-206ENST00000503693 1182 ntTSL 1 (best)17.58■□□□□ 0.42e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-219ENST00000514708 1945 ntTSL 2 BASIC17.56■□□□□ 0.42e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 WDR90-208ENST00000547543 1060 ntTSL 516.99■□□□□ 0.318e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-203ENST00000502558 570 ntTSL 215.2■□□□□ 0.022e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-216ENST00000512308 839 ntTSL 514.34□□□□□ -0.112e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-211ENST00000509254 598 ntTSL 413.74□□□□□ -0.212e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-207ENST00000505177 1340 ntTSL 5 BASIC12.04□□□□□ -0.482e-8■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAEA-205ENST00000503653 845 ntTSL 311.54□□□□□ -0.562e-8■■■■■ 35.1
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SF3A3Q12874 MAMDC4-202ENST00000445819 3895 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.13■□□□□ 0.012e-6■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 MAMDC4-201ENST00000317446 3658 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.52□□□□□ -0.082e-6■■■■■ 35.1
SF3A3Q12874 TONSL-202ENST00000497613 6607 ntTSL 216.78■□□□□ 0.286e-7■■■■■ 35
SF3A3Q12874 TONSL-201ENST00000409379 4502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.056e-7■■■■■ 35
SF3A3Q12874 TRMT2A-216ENST00000487668 1040 ntTSL 516.46■□□□□ 0.235e-7■■■■■ 35
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SF3A3Q12874 TRMT2A-205ENST00000444256 426 ntTSL 513.87□□□□□ -0.195e-7■■■■■ 35
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SF3A3Q12874 TRMT2A-206ENST00000444845 739 ntTSL 311.71□□□□□ -0.535e-7■■■■■ 35
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SF3A3Q12874 LRP5-206ENST00000529993 5103 ntTSL 1 (best)16.57■□□□□ 0.243e-7■■■■■ 34.9
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SF3A3Q12874 SMAD3-202ENST00000439724 1530 ntTSL 1 (best) BASIC11.97□□□□□ -0.491e-10■■■■■ 34.8
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SF3A3Q12874 SMAD3-203ENST00000537194 1147 ntTSL 1 (best) BASIC7.4□□□□□ -1.221e-10■■■■■ 34.8
SF3A3Q12874 SMAD3-209ENST00000558894 797 ntTSL 54.72□□□□□ -1.651e-10■■■■■ 34.8
SF3A3Q12874 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC18.83■□□□□ 0.61e-7■■■■■ 34.8
SF3A3Q12874 RECQL4-209ENST00000617875 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.491e-7■■■■■ 34.8
SF3A3Q12874 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.675e-7■■■■■ 34.8
SF3A3Q12874 PLK1-202ENST00000562272 4135 ntTSL 213.02□□□□□ -0.335e-7■■■■■ 34.8
SF3A3Q12874 ITIH2-202ENST00000379587 2848 ntTSL 5 BASIC10.87□□□□□ -0.674e-7■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ITIH2-201ENST00000358415 3193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.06□□□□□ -0.84e-7■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ERCC2-209ENST00000586856 690 ntTSL 521.56■■□□□ 1.041e-10■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ERCC2-212ENST00000591309 557 ntTSL 418.72■□□□□ 0.591e-10■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ERCC2-206ENST00000586131 1007 ntTSL 318.43■□□□□ 0.541e-10■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ERCC2-207ENST00000586441 682 ntTSL 511.86□□□□□ -0.511e-10■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ERCC2-208ENST00000586737 481 ntTSL 511.21□□□□□ -0.611e-10■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ZMYND8-208ENST00000435836 670 ntTSL 58.19□□□□□ -1.17e-7■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ZMYND8-210ENST00000446894 341 ntTSL 24.41□□□□□ -1.77e-7■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ZMYND8-209ENST00000441977 175 ntTSL 3-0.21□□□□□ -2.447e-7■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 TIMP4-201ENST00000287814 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.528e-9■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 AP2A2-212ENST00000528195 562 ntTSL 315.27■□□□□ 0.041e-7■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 GUSB-209ENST00000466883 2555 ntTSL 217.22■□□□□ 0.351e-32■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 GUSB-208ENST00000465785 625 ntTSL 214.22□□□□□ -0.131e-32■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 GUSB-214ENST00000489482 519 ntTSL 212.85□□□□□ -0.351e-32■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 GUSB-207ENST00000462371 820 ntTSL 310.98□□□□□ -0.651e-32■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 ENOSF1-220ENST00000584706 616 ntTSL 38.71□□□□□ -1.021e-19■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 WDR73-206ENST00000558608 2154 ntTSL 215.11■□□□□ 0.011e-6■■■■■ 34.7
SF3A3Q12874 GTPBP6-202ENST00000485332 2016 ntTSL 219.16■□□□□ 0.666e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 DOCK6-201ENST00000294618 6358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.07□□□□□ -0.321e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 DOCK6-207ENST00000587656 4009 ntTSL 512.88□□□□□ -0.351e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.745e-7■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 FKBP2-204ENST00000535135 639 ntTSL 322.1■■□□□ 1.132e-6■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.121e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.081e-9■■■■■ 34.6
SF3A3Q12874 CAPN15-205ENST00000567216 3174 ntTSL 1 (best)21.63■■□□□ 1.058e-7■■■■■ 34.6
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