Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
USP3Q9Y6I4 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ANAPC13-204ENST00000510994 1840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
USP3Q9Y6I4 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms