Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
LHX3Q9UBR4 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 IMPA2-212ENST00000625802 500 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
LHX3Q9UBR4 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.4 ms