Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 EIPR1-206ENST00000443925 1771 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
SCN3AQ9NY46 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 SH3BP2-204ENST00000452765 2265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC20.08■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.07■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.06■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC20.05■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
SCN3AQ9NY46 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms