Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 PARN-205ENST00000539279 1557 ntTSL 2 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 GPC1-202ENST00000420138 1835 ntTSL 5 BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC17.47■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 TMEM17-201ENST00000335390 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 TEAD2-210ENST00000601519 2167 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.46■□□□□ 0.39
CCL28Q9NRJ3 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 RBM34-201ENST00000408888 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 KREMEN2-201ENST00000303746 2326 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 LYPD1-202ENST00000397463 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC17.45■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 GJC2-201ENST00000366714 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 ZNF821-202ENST00000425432 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 ZNF584-201ENST00000306910 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC14-203ENST00000359775 7380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC17.44■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 CREB3-201ENST00000353704 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 FUBP3-201ENST00000319725 3124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 DET1-201ENST00000268148 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 RARA-201ENST00000254066 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 GFI1-202ENST00000370332 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 NF2-201ENST00000334961 2020 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 NSUN2-206ENST00000506139 2619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC17.43■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 CD7-207ENST00000584284 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 BX005266.2-202ENST00000446626 2245 ntTSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.42■□□□□ 0.38
CCL28Q9NRJ3 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC17.42■□□□□ 0.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms