Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC20.5■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AC074212.1-201ENST00000559756 1402 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 DHRS4-207ENST00000559632 1003 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
USP53Q70EK8 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
USP53Q70EK8 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.44■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.6 ms