Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 IGFBP3-211ENST00000615754 792 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.03
USP39Q53GS9 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AC098934.4-201ENST00000564127 592 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USP39Q53GS9 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
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