Protein–RNA interactions for Protein: P46779

RPL28, 60S ribosomal protein L28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPL28P46779 FOXD4L3-201ENST00000342833 2039 ntAPPRIS P1 BASIC13.9□□□□□ -0.18
RPL28P46779 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.18
RPL28P46779 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC13.9□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.9□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TDRP-203ENST00000523656 2622 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 DMWD-202ENST00000377735 3292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 ME3-212ENST00000543262 2311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.89□□□□□ -0.19
RPL28P46779 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 NXN-201ENST00000336868 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 BACE2-201ENST00000328735 2824 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PHOSPHO1-201ENST00000310544 1816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 USP39-203ENST00000409470 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 E4F1-206ENST00000565090 2028 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AC008105.1-201ENST00000587534 2003 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 FAM66B-202ENST00000606573 2630 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 FAM110D-201ENST00000374268 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC13.88□□□□□ -0.19
RPL28P46779 RGMB-207ENST00000513185 2052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 FAM53A-202ENST00000461064 2159 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TEAD2-208ENST00000598810 2191 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 IRF7-204ENST00000397570 1943 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MSLN-205ENST00000563941 2109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 SPG7-202ENST00000341316 2288 ntTSL 1 (best) BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.87□□□□□ -0.19
RPL28P46779 PCED1A-202ENST00000360652 2016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 RUVBL2-206ENST00000595090 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 REM2-201ENST00000267396 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 DMRTB1-201ENST00000371445 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 ZNRF1-202ENST00000335325 4620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TRABD2A-201ENST00000335459 1844 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 GPRIN2-202ENST00000374317 1966 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 TNFSF11-203ENST00000398795 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 BRD9-202ENST00000467963 2156 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.19
RPL28P46779 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC13.86□□□□□ -0.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.6 ms