Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TNFRSF4P43489 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
TNFRSF4P43489 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TNFRSF4P43489 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
TNFRSF4P43489 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
TNFRSF4P43489 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC083805.3-201ENST00000619560 1315 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 RNA5SP413-201ENST00000516373 109 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC011611.3-201ENST00000552367 569 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 POU5F1P3-201ENST00000428824 1078 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ARNTL2-209ENST00000546179 1861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 C16orf74-201ENST00000284245 906 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 NAA20-203ENST00000398602 1604 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ITM2C-210ENST00000620962 501 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TNFRSF4P43489 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TNFRSF4P43489 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 135.9 ms