Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
SMARCA1P28370 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SEC11A-208ENST00000559729 1256 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 RNASEH2B-206ENST00000611510 1257 ntTSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 DDIT4-201ENST00000307365 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 UBE2I-205ENST00000402301 1708 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 MAD2L2-204ENST00000376667 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 VKORC1L1-202ENST00000434382 1541 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SPOP-206ENST00000504102 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
SMARCA1P28370 MAF1-205ENST00000534585 1754 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms