Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG1P18858 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG1P18858 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG1P18858 DMRTA2-202ENST00000418121 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIG1P18858 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 TRIM46-204ENST00000368385 1864 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 FAM3A-208ENST00000419205 1763 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIG1P18858 NEK3-208ENST00000618534 2414 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 KIRREL2-201ENST00000262625 1969 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIG1P18858 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 POMGNT2-202ENST00000441964 2531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIG1P18858 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 RUNX3-202ENST00000338888 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 ACHE-203ENST00000411582 2179 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SLC22A17-202ENST00000354772 2238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 CAMK2B-216ENST00000440254 2097 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 DAPK3-201ENST00000301264 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIG1P18858 CEL-201ENST00000372080 2384 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC010141.3-201ENST00000456659 717 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIG1P18858 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 GRB10-206ENST00000402497 2289 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 FAM3C-201ENST00000359943 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 SKI-201ENST00000378536 5613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIG1P18858 ADGRA3-204ENST00000502482 2870 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 RELT-202ENST00000393580 2669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIG1P18858 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.6 ms