Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
SNHG28P0DPA3 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 HLA-G-204ENST00000376828 1490 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 GSG1L-202ENST00000395724 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 NARF-205ENST00000412079 1760 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 TERF1P5-201ENST00000477545 1207 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AC005789.1-201ENST00000585411 297 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ELAC1-204ENST00000591429 975 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 NGLY1-204ENST00000396649 2024 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
SNHG28P0DPA3 FAM66A-201ENST00000525829 921 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms