Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 HSCB-202ENST00000398941 955 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
CPSF3Q9UKF6 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
CPSF3Q9UKF6 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.9 ms