Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 P2RX2-201ENST00000343948 1494 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 MMAB-206ENST00000540016 945 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 GNAS-AS1-201ENST00000424094 1156 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
LIMD1Q9UGP4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
LIMD1Q9UGP4 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms