Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PXK-211ENST00000484288 2031 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
VPS54Q9P1Q0 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51 ms