Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 PDXDC1-205ENST00000535621 2048 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 SUSD1-203ENST00000374264 2754 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TXNRD3-204ENST00000640433 1932 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ST3GAL4-209ENST00000526727 1967 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NNT-AS1-206ENST00000606697 1945 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PAXIP1-AS1-201ENST00000608317 2256 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 NUDT16L1-202ENST00000405142 2040 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 CRHR1-203ENST00000339069 2490 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 SUMF2-208ENST00000434526 2052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 POMGNT2-201ENST00000344697 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 KRTAP5-AS1-201ENST00000424148 2265 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 PCDHAC2-203ENST00000615316 3011 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
SMARCAL1Q9NZC9 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SMPDL3A-203ENST00000539041 1755 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 CDK18-203ENST00000429964 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 MUS81-201ENST00000308110 2392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 RTP5-201ENST00000343216 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SQLE-206ENST00000523430 1879 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 AGAP3-202ENST00000397238 3225 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SMURF1-201ENST00000361125 5737 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 NKX1-2-201ENST00000451024 3364 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM204-202ENST00000566264 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 CENPU-201ENST00000281453 1998 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 FSTL3-201ENST00000166139 2542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 FDFT1-210ENST00000525954 1890 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 CCDC91-207ENST00000539107 2440 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ADAM9-203ENST00000466936 2053 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 ZNF800-208ENST00000619291 2099 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 AL121603.2-201ENST00000557373 2117 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 LYN-202ENST00000519728 2297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
SMARCAL1Q9NZC9 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms