Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPD3

EXOSC4, Exosome complex component RRP41, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EXOSC4Q9NPD3 CNTNAP3B-203ENST00000377561 5379 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 PCDHA2-203ENST00000526136 5254 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 HOXA13-201ENST00000222753 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 NTRK3-206ENST00000540489 2145 ntTSL 5 BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 SULF2-201ENST00000359930 4915 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ZNF773-204ENST00000598770 2019 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.12■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 WWC1-201ENST00000265293 7130 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 RITA1-201ENST00000548278 2053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ARNT-202ENST00000358595 4887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CXCR3-201ENST00000373691 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 GRB10-208ENST00000403097 5432 ntTSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 RIMBP3C-201ENST00000331505 5475 ntAPPRIS ALT2 BASIC19.11■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 FEM1AP1-201ENST00000431297 1995 ntBASIC19.1■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CHST1-201ENST00000308064 2718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 KIF16B-206ENST00000636835 5109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CDH23-212ENST00000616684 4814 ntTSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ZNF12-204ENST00000405858 5051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.09■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 ARFRP1-210ENST00000614942 2554 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 MOGS-201ENST00000233616 2895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CDCA4-201ENST00000336219 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 TLE3-226ENST00000627388 5742 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 POMGNT1-201ENST00000371984 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.65
EXOSC4Q9NPD3 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 AP000679.1-202ENST00000319763 2081 ntTSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC19.08■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 B3GAT3-202ENST00000531383 2056 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 SLC25A22-228ENST00000628067 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 RFLNA-202ENST00000338359 652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 MMP17-201ENST00000360564 2411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
EXOSC4Q9NPD3 RIOX2-201ENST00000333396 5347 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.07■□□□□ 0.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.6 ms