Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 MSX2-201ENST00000239243 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 GLYCTK-205ENST00000473032 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 FAM163B-202ENST00000496132 811 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AL049780.2-201ENST00000556236 367 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 ANAPC11-212ENST00000577425 603 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
NKX2-4Q9H2Z4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AL355472.2-201ENST00000422958 438 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC080023.1-201ENST00000526906 803 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC092718.1-201ENST00000501068 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 SFXN1-203ENST00000502393 637 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC013268.1-201ENST00000639717 1208 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NDUFA8-201ENST00000373768 844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 C20orf196-202ENST00000378979 585 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 YWHAZ-209ENST00000419477 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC122129.2-201ENST00000583598 466 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 SCARB1-211ENST00000546215 1597 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 ALDH16A1-203ENST00000540132 2174 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 UBB-203ENST00000395839 1012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 FOXN3-209ENST00000555353 1595 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 HP1BP3-202ENST00000375000 928 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 ZFYVE1-202ENST00000394207 1183 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 PTS-201ENST00000280362 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 TRAPPC3-204ENST00000373166 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 HDAC11-205ENST00000404548 577 ntTSL 4 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 MAN2C1-244ENST00000618257 1346 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
NKX2-4Q9H2Z4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms