Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z6J8

UBE3D, E3 ubiquitin-protein ligase E3D, humanhuman

Predictions only

Length 389 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBE3DQ7Z6J8 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.82
UBE3DQ7Z6J8 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 GNB3-201ENST00000229264 1923 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 LRRC3B-201ENST00000396641 1696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 RNF38-205ENST00000377877 1974 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
UBE3DQ7Z6J8 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.5 ms