Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 APOC3-205ENST00000630701 541 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 FAM229A-204ENST00000432622 699 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 AKAIN1-201ENST00000434239 575 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.6■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 HENMT1-203ENST00000402983 1696 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.59■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 AL772284.2-201ENST00000620151 1147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
USP54Q70EL1 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 CAPZB-205ENST00000433834 1462 ntTSL 2 BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 IPO13-201ENST00000372339 1201 ntTSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 POLR2J-202ENST00000393794 784 ntTSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 C2orf82-203ENST00000409533 561 ntAPPRIS P2 TSL 4 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 PGAM5-204ENST00000543955 1773 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 BASP1-201ENST00000322611 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AC091799.1-201ENST00000422823 811 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 TGIF1-207ENST00000407501 1585 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 DESI2-201ENST00000263831 859 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 CUEDC2-201ENST00000369937 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 ABHD1-207ENST00000621324 1078 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
USP54Q70EL1 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms