Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 TADA2B-204ENST00000512388 1343 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 WWTR1-AS1-203ENST00000495094 975 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 CIRBP-214ENST00000587896 1081 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP41Q3LFD5 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 SNX24-211ENST00000513881 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ATG101-201ENST00000336854 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC22.56■■□□□ 1.2
USP41Q3LFD5 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms