Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.14■□□□□ 0.81
LIM2P55344 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC20.13■□□□□ 0.81
LIM2P55344 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.12■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.11■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.1■□□□□ 0.81
LIM2P55344 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.09■□□□□ 0.81
LIM2P55344 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIM2P55344 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
LIM2P55344 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC20.08■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 316.1 ms