Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 HLA-B-256ENST00000639848 1089 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 GOLGA2P10-204ENST00000618004 1349 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 C6orf48-205ENST00000375640 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AL162258.1-201ENST00000497086 753 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AC010422.3-201ENST00000597692 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 NPAS1-201ENST00000439365 1341 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CTCFP49711 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 WDR74-201ENST00000278856 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 PET117-201ENST00000432901 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AP001412.1-201ENST00000608405 714 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 PSKH2-201ENST00000276616 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CTCFP49711 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 NDUFAF3-204ENST00000451378 774 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 C16orf74-202ENST00000602583 1237 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CTCFP49711 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 SYT7-209ENST00000542836 1362 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 LINC00620-201ENST00000419618 996 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 LINC01881-205ENST00000456398 1235 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 TNFRSF18-204ENST00000486728 727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 RAP1B-229ENST00000543393 874 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 SLC25A11-202ENST00000544061 952 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AC113189.1-201ENST00000570444 327 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AL049637.2-201ENST00000641778 930 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CTCFP49711 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 LIME1-201ENST00000309546 1178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AL161908.1-201ENST00000451449 449 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AC090877.2-202ENST00000560363 574 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CTCFP49711 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CTCFP49711 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CTCFP49711 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CTCFP49711 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 TMSB4X-201ENST00000380633 495 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 AC005625.1-201ENST00000590304 472 ntTSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 AC007743.1-203ENST00000447423 1623 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CTCFP49711 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 TPM4P1-201ENST00000436100 807 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 LINC01659-202ENST00000449711 917 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 NME6-213ENST00000451657 871 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 AC134349.1-201ENST00000543969 385 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CTCFP49711 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CTCFP49711 S100A14-203ENST00000368701 1080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms