Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CUX1P39880 PLK5-204ENST00000588430 900 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CUX1P39880 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC36.01■■■■□ 3.36
CUX1P39880 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
CUX1P39880 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AP000697.1-201ENST00000430607 339 ntTSL 5 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
CUX1P39880 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC35.98■■■■□ 3.35
CUX1P39880 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CUX1P39880 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
CUX1P39880 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CUX1P39880 ABCC3-217ENST00000515707 656 ntTSL 3 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CUX1P39880 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC35.97■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC35.97■■■■□ 3.35
CUX1P39880 SAC3D1-205ENST00000531072 1362 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 DNPH1-202ENST00000393987 796 ntTSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AL591742.1-201ENST00000604433 565 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
CUX1P39880 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CUX1P39880 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CUX1P39880 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CUX1P39880 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CUX1P39880 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CUX1P39880 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC35.95■■■■□ 3.35
CUX1P39880 AC061975.6-201ENST00000579045 1553 ntBASIC35.95■■■■□ 3.34
CUX1P39880 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 KRT17P1-201ENST00000399211 1546 ntBASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
CUX1P39880 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 AC120498.10-201ENST00000621827 505 ntBASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 CCDC107-202ENST00000378406 1016 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC35.93■■■■□ 3.34
CUX1P39880 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CUX1P39880 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CUX1P39880 C14orf144-202ENST00000555282 854 ntTSL 3 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CUX1P39880 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.92■■■■□ 3.34
CUX1P39880 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CUX1P39880 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
CUX1P39880 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
CUX1P39880 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
CUX1P39880 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CUX1P39880 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC35.91■■■■□ 3.34
CUX1P39880 AP006294.2-201ENST00000641667 209 ntBASIC35.91■■■■□ 3.34
CUX1P39880 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC35.9■■■■□ 3.34
CUX1P39880 NAPSA-201ENST00000253719 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
CUX1P39880 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
CUX1P39880 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
CUX1P39880 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC35.9■■■■□ 3.34
CUX1P39880 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC35.9■■■■□ 3.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms