Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 LINC01976-201ENST00000565120 434 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
BDNFP23560 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
BDNFP23560 KDF1-201ENST00000320567 1793 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
BDNFP23560 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
BDNFP23560 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
BDNFP23560 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
BDNFP23560 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
BDNFP23560 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
BDNFP23560 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BDNFP23560 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
BDNFP23560 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
BDNFP23560 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BDNFP23560 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
BDNFP23560 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 NMRAL1-212ENST00000574425 1240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
BDNFP23560 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
BDNFP23560 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
BDNFP23560 GRAMD1A-201ENST00000317991 2695 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
BDNFP23560 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms