Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AC010616.1-201ENST00000597630 2078 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 PRMT8-202ENST00000382622 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ARRDC1-AS1-201ENST00000371417 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SLC46A3-202ENST00000380814 2121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 GABRA2-214ENST00000515082 2366 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 MATR3-206ENST00000503811 2518 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 NCKAP1-201ENST00000360982 4989 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 IQCJ-SCHIP1-204ENST00000485419 2445 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 COL13A1-202ENST00000357811 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC39Q9UFE4 SPRN-201ENST00000414069 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 TNKS2-201ENST00000371627 6157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC39Q9UFE4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms