Protein–RNA interactions for Protein: Q9NSU2

TREX1, Three-prime repair exonuclease 1, humanhuman

Predictions only

Length 369 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TREX1Q9NSU2 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 AC133555.3-201ENST00000549950 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 AC106782.1-201ENST00000550538 1693 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC21.28■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC21.27■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC21.27■■□□□ 1
TREX1Q9NSU2 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC21.27■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PHF7-201ENST00000327906 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.26■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 OLIG3-201ENST00000367734 2049 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 OTOP1-201ENST00000296358 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 SLC35A3-210ENST00000638371 2298 ntTSL 5 BASIC21.24■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CD55-205ENST00000367067 1843 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 GNB1L-202ENST00000403325 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 HSD11B1L-218ENST00000581773 1687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.23■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 LSM14A-202ENST00000540746 2152 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 C12orf76-203ENST00000546651 1755 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 SCLY-201ENST00000254663 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.22■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
TREX1Q9NSU2 CELF2-213ENST00000633077 1733 ntTSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms