Protein–RNA interactions for Protein: Q96CF2

CHMP4C, Charged multivesicular body protein 4c, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4CQ96CF2 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 CARM1-201ENST00000327064 3330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 PTPRJ-208ENST00000615445 4773 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
CHMP4CQ96CF2 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms