Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
USP49Q70CQ1 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 FAM193A-211ENST00000637812 4885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 ZDHHC5-204ENST00000527985 2817 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 SLC16A10-202ENST00000368851 2508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PDCD2-203ENST00000443345 1897 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 TNFAIP8L3-202ENST00000637513 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC23.97■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 LRCH4-209ENST00000497245 2014 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRR20B-201ENST00000377930 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRR20A-201ENST00000377931 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRR20E-201ENST00000434815 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRR20D-201ENST00000452123 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRR20C-201ENST00000544357 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRR20C-202ENST00000614894 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 RASSF1-203ENST00000359365 1923 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.95■■□□□ 1.43
USP49Q70CQ1 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 CLN8-213ENST00000637156 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 DUSP2-201ENST00000288943 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.94■■□□□ 1.42
USP49Q70CQ1 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
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