Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MT3-201ENST00000200691 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MAP2K4P1-201ENST00000438453 1195 ntBASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.52
CHD3Q12873 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.27■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 DBI-210ENST00000542275 757 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.26■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.25■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 STX7-201ENST00000367937 1090 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.24■□□□□ 0.51
CHD3Q12873 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC18.24■□□□□ 0.51
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