Protein–RNA interactions for Protein: P13611

VCAN, Versican core protein, humanhuman

Predictions only

Length 3,396 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCANP13611 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
VCANP13611 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 CLTA-202ENST00000345519 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 OR2A1-AS1-201ENST00000462305 773 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC004889.1-204ENST00000474656 773 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 HDAC11-203ENST00000402271 1018 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
VCANP13611 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 FAM86B2-202ENST00000309608 806 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 AP001059.1-201ENST00000442785 523 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 YIF1B-213ENST00000591755 1077 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC069544.1-201ENST00000609399 999 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
VCANP13611 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 TPSB2-203ENST00000612142 1352 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 TOLLIP-AS1-201ENST00000530897 939 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 ADAMTS19-AS1-201ENST00000502827 786 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 ROPN1L-202ENST00000503804 1291 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 AC009090.2-201ENST00000565829 472 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 USF2-205ENST00000594064 1179 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
VCANP13611 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
VCANP13611 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 METTL21A-206ENST00000432416 869 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 ELOVL2-AS1-202ENST00000456616 903 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
VCANP13611 HES2-205ENST00000487437 968 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC127496.6-201ENST00000576215 338 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCANP13611 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCANP13611 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCANP13611 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
VCANP13611 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 GGTLC1-203ENST00000335694 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 MUC1-204ENST00000343256 648 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC026396.1-201ENST00000419388 421 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 CXCL2-202ENST00000508487 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 GEMIN7-203ENST00000591607 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 CDX1-202ENST00000616154 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 RHOC-204ENST00000369633 1295 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 HAGLR-204ENST00000425005 623 ntTSL 3 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 ETHE1-201ENST00000292147 963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 CHCHD10-202ENST00000484558 1171 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
VCANP13611 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 GOSR2-208ENST00000573224 1115 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 MTFP1-201ENST00000266263 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 SMARCB1-204ENST00000407422 1643 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
VCANP13611 STK24-AS1-201ENST00000434547 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 AC073316.3-201ENST00000437354 982 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 MLF2-210ENST00000542154 838 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 CAB39-203ENST00000410084 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 NTAN1-201ENST00000287706 1204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
VCANP13611 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms