Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MVB12A-212ENST00000543795 1154 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 YBX1-201ENST00000321358 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC24.64■■□□□ 1.54
SNHG28P0DPA3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 LINC00682-201ENST00000498940 1625 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
SNHG28P0DPA3 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms