Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AGMAT-201ENST00000375826 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC19.24■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.23■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.22■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 EEF1D-246ENST00000532741 2387 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AC243965.2-201ENST00000612576 2671 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 TXNDC5-201ENST00000379757 2964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PALM-202ENST00000338448 2725 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC19.21■□□□□ 0.67
HOXD4P09016 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 HPS6-201ENST00000299238 2649 ntAPPRIS P1 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.2■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC104771.1-201ENST00000603335 964 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC19.19■□□□□ 0.66
HOXD4P09016 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC19.19■□□□□ 0.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms