Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 HNF4A-205ENST00000443598 1603 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 KCNAB3-201ENST00000303790 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 BRWD1-202ENST00000341322 2495 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 CTNNAL1-202ENST00000374593 761 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP3Q9Y6I4 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms