Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 SPIB-206ENST00000596074 847 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-CQ95604 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-CQ95604 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-CQ95604 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-CQ95604 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-CQ95604 SMARCB1-202ENST00000344921 1728 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-CQ95604 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
HLA-CQ95604 GGTLC1-201ENST00000278765 974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 METTL23-208ENST00000588822 1049 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 SMIM8-209ENST00000608868 815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 PTPMT1-202ENST00000326674 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AGTRAP-203ENST00000376629 1100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC108025.1-201ENST00000453678 1058 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC226101.2-201ENST00000458252 747 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 ST20-202ENST00000485386 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 ZNF134-203ENST00000600344 483 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC010531.6-201ENST00000602282 401 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 DUSP28-201ENST00000343217 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 WDR37-206ENST00000620998 1303 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 PDCD10-202ENST00000461494 934 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 HTT-AS-201ENST00000503893 515 ntTSL 4 BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 BX088651.1-201ENST00000540551 451 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 LCN8-201ENST00000371688 867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 CSF1-205ENST00000420111 1083 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 KRT17P3-201ENST00000420566 1262 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 ABHD17AP6-201ENST00000458502 1044 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 PBX1-209ENST00000485769 834 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 HIST2H2AB-201ENST00000331128 393 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 RBCK1-213ENST00000475269 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 RN7SL471P-201ENST00000580476 299 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 EEF1D-225ENST00000529272 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 HAUS4-203ENST00000347758 1428 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 FBL-201ENST00000221801 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 TSPAN14-205ENST00000372158 1095 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 GPX1-202ENST00000419783 1146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 SELENOS-203ENST00000526049 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 RAP1B-220ENST00000539091 977 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 CDKN2A-213ENST00000579122 666 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 HLA-C-201ENST00000376228 1536 ntAPPRIS P2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 POMC-202ENST00000380794 1295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 OGG1-209ENST00000383826 1069 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AL356020.1-201ENST00000554235 1076 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
HLA-CQ95604 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
HLA-CQ95604 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
HLA-CQ95604 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
HLA-CQ95604 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.1 ms