Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.4■□□□□ 0.385e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.375e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.335e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SEMA3B-214ENST00000619119 3158 ntTSL 516.72■□□□□ 0.275e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SEMA3B-207ENST00000441915 2710 ntTSL 1 (best)16.12■□□□□ 0.175e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 SEMA3B-203ENST00000419007 3283 ntTSL 216■□□□□ 0.155e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 AKT1-207ENST00000554192 922 ntTSL 218.92■□□□□ 0.628e-9■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.846e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 TNPO2-213ENST00000589149 564 ntTSL 519.62■□□□□ 0.739e-12■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 MTG2-210ENST00000488748 590 ntTSL 215.17■□□□□ 0.022e-6■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 NOP9-201ENST00000267425 6033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.181e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PHACTR4-206ENST00000632421 3375 ntTSL 213.01□□□□□ -0.333e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PHACTR4-201ENST00000373836 3107 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC7.38□□□□□ -1.234e-8■■■■■ 29.1
UPF1Q92900 PRMT2-210ENST00000458387 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.548e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 PRMT2-206ENST00000397638 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.338e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.98e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 PRMT2-207ENST00000440086 1932 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.438e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 PRMT2-203ENST00000355680 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.348e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 PRMT2-213ENST00000486520 4031 ntTSL 212.95□□□□□ -0.348e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 PRMT2-205ENST00000397637 2880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.18□□□□□ -0.468e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 WDR55-205ENST00000520764 1696 ntTSL 217.74■□□□□ 0.432e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 DAGLB-208ENST00000482149 2378 ntTSL 217.55■□□□□ 0.41e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 DAGLB-206ENST00000462934 2589 ntTSL 215.3■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 DAGLB-201ENST00000297056 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.9□□□□□ -0.181e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 WDR55-203ENST00000506393 2477 ntTSL 212.79□□□□□ -0.362e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 WDR55-201ENST00000358337 4080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.65□□□□□ -0.552e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 WDR55-204ENST00000511232 3812 ntTSL 211.38□□□□□ -0.592e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 SLC46A1-204ENST00000582735 574 ntTSL 410.37□□□□□ -0.754e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 NINJ1-203ENST00000470314 834 ntTSL 315.44■□□□□ 0.066e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 FBXL16-205ENST00000562648 2531 ntTSL 1 (best)30.33■■■□□ 2.453e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 FBXL16-202ENST00000397621 3547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.133e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 FBXL16-201ENST00000324361 3411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.233e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 APOBEC3D-202ENST00000427494 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.021e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 APOBEC3D-201ENST00000216099 2528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.19□□□□□ -0.461e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 AHR-202ENST00000463496 4820 ntTSL 1 (best)17.88■□□□□ 0.451e-10■■■■■ 29
UPF1Q92900 AHR-201ENST00000242057 6276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.111e-10■■■■■ 29
UPF1Q92900 AC019117.3-201ENST00000637807 3523 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.27□□□□□ -1.571e-10■■■■■ 29
UPF1Q92900 SNAPC2-201ENST00000221573 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.664e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 SNAPC2-206ENST00000597584 1413 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.484e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 AFG3L2-201ENST00000269143 3247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.77■□□□□ 0.121e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 FAM234A-209ENST00000424016 646 ntTSL 321.65■■□□□ 1.062e-15■■■■■ 29
UPF1Q92900 MAD2L1-201ENST00000296509 5468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.263e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 AP2A2-201ENST00000332231 4656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.39■□□□□ 0.211e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 MNT-201ENST00000174618 4996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.176e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 AP2A2-202ENST00000448903 4575 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.16□□□□□ -0.141e-8■■■■■ 29
UPF1Q92900 JPT1-203ENST00000409753 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.773e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.333e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 JPT1-201ENST00000304834 1633 ntTSL 1 (best)22.65■■□□□ 1.223e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 JPT1-209ENST00000482348 1614 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.013e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 JPT1-202ENST00000356033 1519 ntTSL 1 (best) BASIC19.76■□□□□ 0.753e-6■■■■■ 29
UPF1Q92900 TNFAIP2-204ENST00000559255 1410 ntTSL 220.09■□□□□ 0.815e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 C2orf82-208ENST00000481155 660 ntTSL 331.78■■■□□ 2.683e-7■■■■■ 29
UPF1Q92900 FZR1-203ENST00000441788 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.454e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.057e-15■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 FOXP1-222ENST00000615603 7140 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.111e-10■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 FOXP1-202ENST00000318789 7114 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.111e-10■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 FOXP1-220ENST00000614176 6384 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC11.07□□□□□ -0.641e-10■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 FOXP1-209ENST00000475937 4967 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.89□□□□□ -0.831e-10■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 TAGLN2-202ENST00000368096 1603 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.565e-36■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 TAGLN2-203ENST00000368097 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.565e-36■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 MTHFR-214ENST00000641747 3227 nt12.93□□□□□ -0.342e-17■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 P3H4-203ENST00000465097 571 ntTSL 520.93■□□□□ 0.945e-8■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.15■□□□□ 0.024e-8■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 ACIN1-213ENST00000555053 4173 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.229e-23■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 WDR55-202ENST00000504897 2953 ntTSL 214.6□□□□□ -0.074e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 BET1L-206ENST00000486280 665 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.621e-12■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 PRKACA-209ENST00000590853 1101 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.141e-8■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.734e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.224e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 ABCF1-201ENST00000326195 3481 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC12.39□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 ABCF1-202ENST00000376545 3131 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.67□□□□□ -0.72e-6■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 KIAA0319L-201ENST00000325722 4789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.358e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 LPCAT1-203ENST00000503252 2694 ntTSL 219.58■□□□□ 0.734e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 LPCAT1-202ENST00000475622 5610 ntTSL 517.51■□□□□ 0.394e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 LPCAT1-201ENST00000283415 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.224e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 ZNF740-201ENST00000416904 8578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.25□□□□□ -0.453e-7■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 AL662884.1-201ENST00000559458 662 ntTSL 2 BASIC13.31□□□□□ -0.284e-8■■■■■ 28.9
UPF1Q92900 C17orf62-223ENST00000582438 809 ntTSL 331.82■■■□□ 2.683e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-227ENST00000582725 1127 ntTSL 529.18■■■□□ 2.263e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-230ENST00000583617 866 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.243e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-204ENST00000437807 2242 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.263e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-202ENST00000342572 1849 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.963e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-201ENST00000306645 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.823e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-203ENST00000434650 2050 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.823e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-205ENST00000536759 2222 ntTSL 218.84■□□□□ 0.613e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-219ENST00000579751 269 ntTSL 318.41■□□□□ 0.543e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-232ENST00000584024 1965 ntTSL 218.13■□□□□ 0.493e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-206ENST00000577436 1079 ntTSL 3 BASIC16.19■□□□□ 0.183e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-214ENST00000578895 3154 ntTSL 214.14□□□□□ -0.153e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 C17orf62-237ENST00000585044 4327 ntTSL 211.69□□□□□ -0.543e-6■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 GTPBP1-206ENST00000462332 3035 ntTSL 212.21□□□□□ -0.463e-12■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.434e-7■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 GRINA-202ENST00000395068 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.628e-8■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 GRINA-201ENST00000313269 1968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.518e-8■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 OS9-208ENST00000546916 1028 ntTSL 229.26■■■□□ 2.277e-11■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 OS9-202ENST00000315970 2691 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.017e-11■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 OS9-206ENST00000435406 2346 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.027e-11■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 OS9-203ENST00000389142 2457 ntTSL 5 BASIC14.89□□□□□ -0.037e-11■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 OS9-201ENST00000257966 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.327e-11■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 OS9-210ENST00000549307 3870 ntTSL 210.08□□□□□ -0.87e-11■■■■■ 28.8
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