Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SMPD3-201ENST00000219334 5453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.56■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 CADPS2-208ENST00000615869 6066 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 APLP1-203ENST00000586861 2052 ntTSL 2 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RNPEPL1-201ENST00000270357 5658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.55■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 TMEM255B-202ENST00000375353 6100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.54■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 NR1D2-201ENST00000312521 5258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ERLIN1-203ENST00000421367 5792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC18.5■□□□□ 0.55
CCDC54Q8NEL0 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.5■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms