Protein–RNA interactions for Protein: Q8N998

CCDC89, Coiled-coil domain-containing protein 89, humanhuman

Predictions only

Length 374 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC89Q8N998 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC89Q8N998 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC89Q8N998 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC89Q8N998 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC89Q8N998 ZDHHC17-201ENST00000426126 5259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
CCDC89Q8N998 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DENND6A-201ENST00000311128 4655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.07■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 KCNMB4-201ENST00000258111 4731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TRIB3-201ENST00000217233 2499 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ARHGAP5-203ENST00000396582 5786 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 CCDC88B-203ENST00000359902 2326 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 MFF-203ENST00000349901 1716 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DUSP9-201ENST00000342782 2433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 RAP2C-202ENST00000370874 2333 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 LMAN2-201ENST00000303127 1800 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ZDHHC8P1-201ENST00000255890 2382 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TUBA1A-201ENST00000295766 1887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 GFI1-203ENST00000427103 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 CLPB-202ENST00000340729 2071 ntTSL 2 BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 B4GALT5-201ENST00000371711 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
CCDC89Q8N998 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms