Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 FAIM-202ENST00000360570 1157 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
VPS53Q5VIR6 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
VPS53Q5VIR6 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC25.67■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.2 ms