Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HDAC4P56524 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms