Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 MGST3-205ENST00000367889 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
HOXC9P31274 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 ZNF644-203ENST00000361321 1253 ntTSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC28.5■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC28.48■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TNNI3-207ENST00000588882 669 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
HOXC9P31274 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 PHB2-213ENST00000546111 858 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
HOXC9P31274 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms