Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG1P18858 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG1P18858 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG1P18858 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG1P18858 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
LIG1P18858 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
LIG1P18858 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ENTPD6-203ENST00000376652 2750 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SGTA-201ENST00000221566 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
LIG1P18858 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 CHN1-203ENST00000409156 1761 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ARFRP1-214ENST00000622789 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LIG1P18858 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 HTRA3-202ENST00000382512 2023 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 IKBKG-206ENST00000594239 2299 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LIG1P18858 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
LIG1P18858 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms