Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ISCU-212ENST00000547005 795 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 RHOD-202ENST00000532559 538 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 RHOC-203ENST00000369632 1026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 MME-217ENST00000616757 1315 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 NMRK1-201ENST00000361092 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 HAGLR-207ENST00000452365 661 ntTSL 4 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AP2S1-207ENST00000599990 829 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 DHPS-223ENST00000614126 1124 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 OLFM1-202ENST00000277415 1014 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
COL6A1P12109 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.2 ms