Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CPSF3Q9UKF6 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AGAP3-201ENST00000335367 2675 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CPSF3Q9UKF6 DTNB-211ENST00000407661 2420 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CPSF3Q9UKF6 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms