Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 DYM-203ENST00000442713 2147 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 UBA5-211ENST00000493720 2058 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 FARSA-201ENST00000314606 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
LIMA1Q9UHB6 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 CHST8-202ENST00000434302 2225 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ALX3-201ENST00000369792 1859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 DCK-201ENST00000286648 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 NR2F2-204ENST00000453270 1712 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 C10orf91-202ENST00000392630 1846 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 MAFF-204ENST00000426621 2216 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 S1PR5-202ENST00000439028 2191 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 PEX5-204ENST00000412720 2105 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AC009014.1-201ENST00000607574 1667 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 FIP1L1-201ENST00000306932 1878 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ARFGAP3-201ENST00000263245 2857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 NAPEPLD-208ENST00000427257 1822 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 KLHDC1-201ENST00000359332 2691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 HPCAL1-201ENST00000307845 1751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ERLEC1-203ENST00000405123 1756 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 FAM3A-202ENST00000359889 1712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 EPHX3-201ENST00000221730 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
LIMA1Q9UHB6 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.8 ms