Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
VPS54Q9P1Q0 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 ACBD4-216ENST00000619916 1276 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 P2RX5-201ENST00000225328 2309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 FAM222B-213ENST00000583522 556 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
VPS54Q9P1Q0 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
VPS54Q9P1Q0 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34 ms